fix: restore main runtime sources and cache consistency

.gitignore

@@ -59,8 +59,8 @@ CLAUDE.md
 # 会话数据库（含用户数据）
 sessions.db
 
-# 测试文件
-tests/
+# pytest / 测试运行缓存（测试源码需要纳入版本库）
+.pytest_cache/
 
 # 文档源文件（可能含敏感内容）
 documents/
@@ -81,13 +81,20 @@ test_output/
 # 非必要文档
 docs/superpowers/
 
-# 以下为v5.0.0新增忽略：多向量库存储及SQLite数据
-data/
+# 多向量库存储及 SQLite 运行数据
+# data/db.py 与 data/__init__.py 是应用源码，必须纳入版本库；仅忽略数据库文件。
+data/prod/
+data/dev/
+data/sqlite/
+data/**/*.db
+data/**/*.db-shm
+data/**/*.db-wal
 vector_store/
 knowledge/vector_store/
 
 # 缓存和临时数据目录
 .data/
+.recovery/
 
 # 测试JSON文件
 exam_questions.json
@@ -114,14 +121,13 @@ chat-ui/
 # 生产环境配置（含 API 密钥）
 deploy/.env.production
 
-# 根目录临时测试脚本
-test_*.py
-test_*.json
+# 根目录临时测试脚本（tests/ 下的正式回归测试不忽略）
+/test_*.py
+/test_*.json
 rag_response.json
 nul
 
-# 调试脚本和临时计划（仅本地使用）
-scripts/
+# 临时计划（正式 scripts/ 源码需要纳入版本库）
 plans/
 
 # Qoder 工具目录
@@ -143,6 +149,8 @@ docs/环境分离说明.md
 # 临时脚本
 scripts/evaluate_enum_context.py
 scripts/migrate_split_databases.py
+/scripts/test_cache*.py
+/scripts/test_intent*.py
 
 # 上传清单（仅本地使用）
 UPLOAD_CHECKLIST.md