fix(boundary): 修复多库边界问题、版本管理及删除清理

多库检索与存储修复:
- RRF 融合去重改用 (collection, chunk_id) 复合键，修复同名文件结果被吞
- DocStore 存储路径加 collection 前缀，修复跨库同名切片数据覆盖
- search_multiple 去重改用复合键
- chunk_id 解析改用 rsplit 兼容下划线文件名

上传与版本管理修复:
- 同名文件上传改为覆盖模式，自动清理旧切片
- 修复首次上传不创建版本记录
- 修复覆盖上传版本号回退到 v1
- sync ADDED 分支改用动态版本号生成
- _generate_version_id 改为基于全部版本递增
- 废止/恢复操作同步 SQLite 版本记录
- mark_document_as_superseded 改为仅更新 SQLite

删除清理修复:
- 删除文档时同步清理 SQLite 版本记录和变更日志
- 删除向量库时同步清理该库所有版本记录
- cleanup 改为清理 SQLite 记录而非 ChromaDB

测试:
- test_version_management.py: 27 条版本管理单元测试
- test_edge_cases.py: 28 条边界用例测试
- test_upload_dedup.py: 5 条上传去重测试
- e2e_risk_test.py: 27 条端到端风险测试

文档:
- 新增风险边界问题修复注意事项.md（面向后端的对接文档）
- 新增向量库边界风险分析.md
- 更新多篇现有文档

knowledge/processing.py

@@ -342,7 +342,10 @@ class ProcessingMixin:
                 "meta": metadata
             }
 
-            doc_path = docstore_dir / f"{doc_id}.json"
+            # 使用 collection/doc_id 组合路径，防止跨库同名文件覆盖
+            coll = metadata.get('collection', '')
+            safe_id = f"{coll}_{doc_id}" if coll else doc_id
+            doc_path = docstore_dir / f"{safe_id}.json"
             with open(doc_path, 'w', encoding='utf-8') as f:
                 json.dump(record, f, ensure_ascii=False, indent=2)
 
@@ -371,7 +374,10 @@ class ProcessingMixin:
                 "meta": metadata
             }
 
-            doc_path = docstore_dir / f"{doc_id}.json"
+            # 使用 collection/doc_id 组合路径，防止跨库同名文件覆盖
+            coll = metadata.get('collection', '')
+            safe_id = f"{coll}_{doc_id}" if coll else doc_id
+            doc_path = docstore_dir / f"{safe_id}.json"
             with open(doc_path, 'w', encoding='utf-8') as f:
                 json.dump(record, f, ensure_ascii=False, indent=2)