fix(boundary): 修复多库边界问题、版本管理及删除清理

多库检索与存储修复:
- RRF 融合去重改用 (collection, chunk_id) 复合键，修复同名文件结果被吞
- DocStore 存储路径加 collection 前缀，修复跨库同名切片数据覆盖
- search_multiple 去重改用复合键
- chunk_id 解析改用 rsplit 兼容下划线文件名

上传与版本管理修复:
- 同名文件上传改为覆盖模式，自动清理旧切片
- 修复首次上传不创建版本记录
- 修复覆盖上传版本号回退到 v1
- sync ADDED 分支改用动态版本号生成
- _generate_version_id 改为基于全部版本递增
- 废止/恢复操作同步 SQLite 版本记录
- mark_document_as_superseded 改为仅更新 SQLite

删除清理修复:
- 删除文档时同步清理 SQLite 版本记录和变更日志
- 删除向量库时同步清理该库所有版本记录
- cleanup 改为清理 SQLite 记录而非 ChromaDB

测试:
- test_version_management.py: 27 条版本管理单元测试
- test_edge_cases.py: 28 条边界用例测试
- test_upload_dedup.py: 5 条上传去重测试
- e2e_risk_test.py: 27 条端到端风险测试

文档:
- 新增风险边界问题修复注意事项.md（面向后端的对接文档）
- 新增向量库边界风险分析.md
- 更新多篇现有文档

knowledge/cleanup.py

@@ -19,69 +19,52 @@ logger = logging.getLogger(__name__)
 
 def cleanup_superseded_versions(days_to_keep: int = 7) -> int:
     """
-    清理超过指定天数的 superseded 版本
+    清理超过保留期的 superseded 版本记录（SQLite）
+
+    按新设计，superseded 切片在 ChromaDB 中已不存在（由 Phase 3 去重删除），
+    此函数只清理 SQLite 中的旧版本记录和变更日志。
 
     Args:
         days_to_keep: 保留天数，默认7天
 
     Returns:
-        清理的 chunk 数量
+        清理的版本记录数量
     """
-    from knowledge.manager import get_kb_manager
-
-    kb_manager = get_kb_manager()
     cutoff_date = (datetime.now() - timedelta(days=days_to_keep)).isoformat()
 
-    logger.info(f"开始清理 superseded 版本（保留 {days_to_keep} 天内的）")
+    logger.info(f"开始清理 superseded 版本记录（保留 {days_to_keep} 天内的）")
 
-    # 获取所有向量库
     try:
-        kb_names = kb_manager.list_collections()
+        from data.db import get_connection
+
+        with get_connection("knowledge") as conn:
+            # 清理超期的 superseded 版本记录
+            cursor = conn.execute("""
+                DELETE FROM document_versions
+                WHERE status = 'superseded' AND deprecated_date < ?
+            """, (cutoff_date,))
+            cleaned_versions = cursor.rowcount
+
+            # 清理超期的变更日志
+            cursor2 = conn.execute("""
+                DELETE FROM version_change_logs
+                WHERE created_at < ?
+            """, (cutoff_date,))
+            cleaned_logs = cursor2.rowcount
+
+            conn.commit()
+
+        total_cleaned = cleaned_versions + cleaned_logs
+        logger.info(
+            f"清理完成: {cleaned_versions} 条版本记录, "
+            f"{cleaned_logs} 条变更日志"
+        )
+        return cleaned_versions
+
     except Exception as e:
-        logger.error(f"获取向量库列表失败: {e}")
+        logger.error(f"清理 superseded 版本记录失败: {e}")
         return 0
 
-    total_cleaned = 0
-
-    for kb_name in kb_names:
-        try:
-            collection = kb_manager.get_collection(kb_name)
-            if not collection:
-                continue
-
-            # 查询超过保留期的 superseded chunks
-            # 注意：ChromaDB 的 where 过滤可能不支持 $lt 操作符
-            # 所以我们先获取所有 superseded chunks，然后在 Python 中过滤
-            result = collection.get(
-                where={"status": "superseded"}
-            )
-
-            if not result['ids']:
-                continue
-
-            # 在 Python 中过滤超过保留期的 chunks
-            ids_to_delete = []
-            for i, meta in enumerate(result['metadatas']):
-                superseded_time = meta.get('superseded_time', '')
-                if superseded_time and superseded_time < cutoff_date:
-                    ids_to_delete.append(result['ids'][i])
-
-            if ids_to_delete:
-                # 删除这些 chunks
-                collection.delete(ids=ids_to_delete)
-                total_cleaned += len(ids_to_delete)
-                logger.info(f"清理 {kb_name}: {len(ids_to_delete)} chunks")
-
-                # 重建 BM25 索引
-                kb_manager.rebuild_bm25_index(kb_name)
-
-        except Exception as e:
-            logger.error(f"清理 {kb_name} 失败: {e}")
-            continue
-
-    logger.info(f"清理完成，共删除 {total_cleaned} 个 superseded chunks")
-    return total_cleaned
-
 
 def cleanup_deprecated_versions(days_to_keep: int = 30) -> int:
     """