fix(boundary): 修复多库边界问题、版本管理及删除清理

多库检索与存储修复:
- RRF 融合去重改用 (collection, chunk_id) 复合键，修复同名文件结果被吞
- DocStore 存储路径加 collection 前缀，修复跨库同名切片数据覆盖
- search_multiple 去重改用复合键
- chunk_id 解析改用 rsplit 兼容下划线文件名

上传与版本管理修复:
- 同名文件上传改为覆盖模式，自动清理旧切片
- 修复首次上传不创建版本记录
- 修复覆盖上传版本号回退到 v1
- sync ADDED 分支改用动态版本号生成
- _generate_version_id 改为基于全部版本递增
- 废止/恢复操作同步 SQLite 版本记录
- mark_document_as_superseded 改为仅更新 SQLite

删除清理修复:
- 删除文档时同步清理 SQLite 版本记录和变更日志
- 删除向量库时同步清理该库所有版本记录
- cleanup 改为清理 SQLite 记录而非 ChromaDB

测试:
- test_version_management.py: 27 条版本管理单元测试
- test_edge_cases.py: 28 条边界用例测试
- test_upload_dedup.py: 5 条上传去重测试
- e2e_risk_test.py: 27 条端到端风险测试

文档:
- 新增风险边界问题修复注意事项.md（面向后端的对接文档）
- 新增向量库边界风险分析.md
- 更新多篇现有文档

docs/RAG需求负责清单.md

@@ -185,7 +185,7 @@
 - 支持10万级向量
 - 权限过滤（security_level）
 
-**代码位置：** `rag_demo.py`
+**代码位置：** `core/engine.py`
 - `search_knowledge()`: 混合检索主函数
 - `reciprocal_rank_fusion()`: RRF融合
 - `rerank_results()`: 重排序
@@ -198,7 +198,7 @@
 - Agentic RAG自动上下文传递
 - 会话列表、历史查询、删除会话
 
-**代码位置：** `session_manager.py`, `agentic_rag.py`
+**代码位置：** `services/session.py`, `core/agentic.py`
 - `SessionManager`: 会话管理器
 - `AgenticRAG.process()`: 多轮对话处理
 
@@ -209,9 +209,9 @@
 - 置信度评估（高/中/低）
 - 来源去重和合并显示
 
-**代码位置：** `rag_demo.py`, `agentic_rag.py`
-- `generate_answer()`: 包含置信度评估
-- `_extract_sources()`: 来源提取
+**代码位置：** `core/engine.py`, `core/agentic.py`
+- `generate_answer()`: 包含置信度评估（`core/engine.py`）
+- `_extract_sources()`: 来源提取（`core/agentic_citation.py`）
 
 ### ⚠️ GKPT-KB-008: 知识库自动同步（部分实现）
 
@@ -234,7 +234,7 @@
 - 试卷管理（草稿/审核/通过状态）
 - 批阅报告生成
 
-**代码位置：** `exam_manager.py`, `exam_api.py`
+**代码位置：** `exam_pkg/manager.py`, `exam_pkg/api.py`
 
 ### ⚠️ GKPT-EXAM-018: AI自动阅卷（部分实现）
 
@@ -348,5 +348,5 @@ CREATE TABLE document_versions (
 
 ---
 
-*文档更新时间: 2026-04-06*
-*项目版本: v4.2.0*
+*文档更新时间: 2026-06-04*
+*项目版本: v7.0.0*