fix(boundary): 修复多库边界问题、版本管理及删除清理

多库检索与存储修复:
- RRF 融合去重改用 (collection, chunk_id) 复合键，修复同名文件结果被吞
- DocStore 存储路径加 collection 前缀，修复跨库同名切片数据覆盖
- search_multiple 去重改用复合键
- chunk_id 解析改用 rsplit 兼容下划线文件名

上传与版本管理修复:
- 同名文件上传改为覆盖模式，自动清理旧切片
- 修复首次上传不创建版本记录
- 修复覆盖上传版本号回退到 v1
- sync ADDED 分支改用动态版本号生成
- _generate_version_id 改为基于全部版本递增
- 废止/恢复操作同步 SQLite 版本记录
- mark_document_as_superseded 改为仅更新 SQLite

删除清理修复:
- 删除文档时同步清理 SQLite 版本记录和变更日志
- 删除向量库时同步清理该库所有版本记录
- cleanup 改为清理 SQLite 记录而非 ChromaDB

测试:
- test_version_management.py: 27 条版本管理单元测试
- test_edge_cases.py: 28 条边界用例测试
- test_upload_dedup.py: 5 条上传去重测试
- e2e_risk_test.py: 27 条端到端风险测试

文档:
- 新增风险边界问题修复注意事项.md（面向后端的对接文档）
- 新增向量库边界风险分析.md
- 更新多篇现有文档

docs/出题批卷系统设计.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 > **文档类型**: 系统设计文档
 > **创建日期**: 2026-04-10
-> **最后更新**: 2026-04-13
+> **最后更新**: 2026-06-04
 > **状态**: 已实施
 
 ---
@@ -20,11 +20,11 @@
 
 ```
 exam_pkg/                    # 考试系统
-├── manager.py               # 出题与批卷核心逻辑
+├── generator.py             # 出题逻辑（按文件/按主题生成题目）
+├── grader.py                # 批卷逻辑（选择题/填空题/简答题批改）
+├── manager.py               # 试卷管理与协调逻辑
 ├── api.py                   # Flask Blueprint (exam_bp)
-├── analysis.py              # 考试分析
-├── local_db.py              # 本地题库 (SQLite)
-└── question_hook.py         # 题目维护钩子
+└── local_db.py              # 本地题库 (SQLite)
 ```
 
 **认证模块**: `auth/gateway.py` - 网关认证
@@ -629,6 +629,7 @@ WHERE source_file = 'public/产品手册.pdf';
 
 | 日期 | 版本 | 变更内容 |
 |------|------|---------|
+| 2026-06-04 | 2.1 | 更新模块结构：移除已删除的 analysis.py、question_hook.py，新增 generator.py、grader.py |
 | 2026-04-13 | 2.0 | 合并出题批卷功能改造计划、批卷工作流优化计划、批卷接口规范 |
 | 2026-04-12 | 1.2 | 新增最小字段输入格式，优化批量批改流程 |
 | 2026-04-10 | 1.0 | 初始版本：按文件出题功能设计 |