fix(bm25): 修复 BM25 索引覆盖 bug + 综合评测集 v2 + 检索增强

核心修复:
- knowledge/base.py: BM25Index.add_documents 从覆盖改为追加+去重，
  修复只有最后上传文件的 chunks 保留在 BM25 中的严重 bug
  (影响: 2.docx/3.docx/PDF 的 755 个 chunk 在 BM25 中完全缺失)

检索增强 (延续上次会话):
- core/engine.py: section cluster boost + lexical match exemption
- api/chat_routes.py: lexical/cluster rescue 层 + SSE 事件
- core/mmr.py: MMR 去重改进

评测体系:
- tests/eval_dataset_v2.json: 62 题综合评测集 (9 种题型×4 文档)
- scripts/eval_e2e.py: 推理模型 LLM 评分兼容 + 新数据集格式支持
- scripts/validate_eval_dataset.py: 数据集验证工具

其他:
- parsers/mineru_parser.py: 解析器改进

knowledge/base.py

@@ -382,18 +382,34 @@ class BM25Index:
 
     def add_documents(self, ids: List[str], documents: List[str], metadatas: List[dict]) -> None:
         """
-        添加文档到索引（会覆盖原有索引）
+        添加文档到索引（追加模式，自动去重）
+
+        如果 ID 已存在则更新对应文档，否则追加新文档。
+        添加后自动重建 BM25 索引。
 
         Args:
             ids: 文档 ID 列表
             documents: 文档内容列表
             metadatas: 文档元数据列表
         """
-        self.ids = ids
-        self.documents = documents
-        self.metadatas = metadatas
-        if documents:
-            tokenized = [self.tokenize(doc) for doc in documents]
+        # 建立已有 ID -> 索引位置 的映射，用于去重
+        existing_map = {doc_id: idx for idx, doc_id in enumerate(self.ids)}
+
+        for i, doc_id in enumerate(ids):
+            if doc_id in existing_map:
+                # 更新已有文档
+                pos = existing_map[doc_id]
+                self.documents[pos] = documents[i]
+                self.metadatas[pos] = metadatas[i]
+            else:
+                # 追加新文档
+                existing_map[doc_id] = len(self.ids)
+                self.ids.append(doc_id)
+                self.documents.append(documents[i])
+                self.metadatas.append(metadatas[i])
+
+        if self.documents:
+            tokenized = [self.tokenize(doc) for doc in self.documents]
             self.bm25 = BM25Okapi(tokenized)
 
     def search(self, query: str, top_k: int = 10) -> Tuple[List[str], List[str], List[dict], List[float]]: